Was ist DNA-Metabarcoding?

DNA-Metabarcoding ist die genetische Analyse einer gemischten Probe bestehend aus einer Vielzahl von Individuen (Proben aus Insektenfallen, Planktonproben, Makrozoobenthos, Mageninhalte etc.). Die Organismen werden hier nicht einzeln erfasst und bearbeitet, sondern die gesamte Probe wird homogenisiert und mittels Parallelsequenzierung (NGS - Next-Generation Sequencing) analysiert.

Die Gemischte Probe wird mit einem Mixer homogenisiert, um daraus DNA von allen Individuen zu gewinnen. Danach wird das DNA-Barcoding Fragment (z.B. COI) vervielfältigt und sequenziert. Die DNA-Sequenzen werden durch bioinformatische Algorithmen sortiert und durch den Abgleich mit der Referenzdatenbank den verschiedenen Arten zugeordnet.

Folgende Proben können analysiert werden

• Zooplankton (limnisch und marin)
• Phytoplankton (limnisch und marin)
• Benthos und Infauna (limnisch und marin)
• Mageninhalte, Speiballen und Exkremente
• Insektenfallen
• Lebensmittel (gemischte Produkte)

Unser Standardanalyseverfahren beinhaltet

• Vorbereitung der Proben (Homogenisierung, Unterbeprobung)
• DNA Extraktion (kommerzielle Kits)
• Quantifizierung der genomischen DNA
• Primerauswahl und in-silico Test der Primer
• PCR Amplifikation
• Qualitätskontrolle
• Vorbereitung der NGS-Library
• Parallelsequenzierung
• Bioinformatische Analyse

Anforderungen an die Proben

Die Qualität der Ergebnisse ist abhängig von der DNA-Qualität in der Probe.

Dazu müssen die Proben entweder gefroren, getrocknet oder in einem geeigneten

Fixiermedium (Ethanol, RNA later, DMSO, DESS etc.) aufbewahrt werden.

Für die Lagerung von Proben gilt ganz allgemein, dass durch eine trockene, dunkle

und kühle Lagerung (z.B. bei -20 °C im Gefrierschrank) die DNA-Qualität der Proben hoch bleibt.

Nehmen Sie mit uns Kontakt auf, um die Probennahme, Fixierung und Lagerung der Proben mit uns zu besprechen.

Probenversand

Für den Versand von frischem Ausgangsmaterial bietet sich eine Fixierung in 96-prozentigem  Ethanol (unvergällt) in einem geeigneten Gefäß (Zentrifugenröhrchen, Kautex, Weithalsflasche etc.) an.

Gerne beraten wir Sie über die geeignete Vorgehensweise bei Ihren Proben.

Kosten

Die Preise für DNA-Metabarcoding variieren je nach Anzahl der Proben und der Beschaffenheit des Ausgangsmaterials.

Wir beraten Sie bei der Auswahl geeigneter Primer und informieren Sie über die unterschiedlichen Möglichkeiten bei der Sequenzierung (Wahl der Sequenzierplattform, Anzahl der Sequenzen pro Probe etc.).

Gerne erstellen wir ein individuelles Angebot.